1999년도에 설립되어 현재 활발히 가동중인 광운대학교 중소기업산학협력센터는 산학협력단에 소속되는 부속기관으로서 중소기업산학협력센터 운영 규정에 따라 총장이 임명한 센터장이 운영지원의 총괄책임자가 되어 센터를 직접 관리 및 운영하며, 운영관리를 위한 별도의 사무실 설치 및 전담직원과 행정직원을 채용하여 산학연협력기술개발사업을 총괄운영하고 있다.
사무국은 센터장, 간사, 전담직원, 행정조교 4인이 상주하며, 과제참여교수 3명 이상, 비참여교수 2명 이상, 외부전문가 중에서 8명 이내로 구성된 운영위원회가 사업의 실질적인 기획과 운영에 관한 구체적인 사항들을 심의하고 결정하고 있다.
연구사업의 효율적인 지원을 위해, 산학협력 유관 부서(교내 중점연구소, 일반 연구소 등)를 중심으로 연계업무 및 산학협력 프로그램과 연계된 기술지도·세미나, 기술개발, 현장 실습 및 취업 연계와 같은 다양한 산학협력 활동 진행하고 있다.